肛门里面疼痛的原因分为以下几种：一、如果病人行周围脏器手术时，比如子宫、阴道、膀胱手术时误伤直肠，会造成肛门直肠疼痛。二、如果钡剂灌肠时病人因肠壁套叠受压过久，压力过大，造成穿孔，也会造成局部疼痛。三、如果由肛门内灌入腐蚀性的物质，可以损伤肛管直肠，会造成疼痛。还有一种原因，如果病人长时间的腹泻，肛腺感染以后形成脓肿，沿着肛管直肠向周围蔓延，也会造成疼痛，行肛周彩超或者内镜下超声检查，可以明确脓肿的范围及大小。