孕40天，如果确定是宫内妊娠囊，药流是比较好的，有的女性能一次性的流干净，此药流会比人流的损伤会更小一些。药流的最佳时间是在小于49天，当然也能行人工流产术，行负压吸引术，但是怀孕40天，可能孕囊不到两公分左右，如果行负压吸引术，可能会导致漏吸或者是空吸，漏吸的概率较妊娠大于50天左右的女性可能会大一些，若是漏吸或是空吸，流产不干净，可能需要再次清宫术。因此怀孕40天左右，确认宫内妊娠的，最好是选择药流，也可以等胎囊再大一点行人工流产术。