小肚子疼，腰疼伴随便意，正常见于肠道本身的疾病，其中包括细菌性痢疾，溃疡性结肠炎，肠道肿瘤以及肠结核和克罗恩病等，需要根据病人的便常规以及肠镜等来明确诊断。此外，对于女性，有妇科疾病，表现为输卵管，卵巢盆腔，或子宫腔内的病变，刺激到直肠，也会使病人表现出有便意，以及小肚子疼和腰疼的症状，因此具体原因需要结合病人的年龄，体征以及相关的辅助检查来明确诊断，病人需要查腹部以及妇科彩超。