子宫内膜异位症和巧克力囊肿两者有关联，但不是一码事，子宫内膜异位症临床表现为痛经、月经不调、不孕、性交痛等，术后易复发。巧克力囊肿是肿块，但并非是肿瘤，它是子宫内膜异位症的一种病变，一般情况下子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血。如病变发生在卵巢上，月经期局部都有出血使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性成褐色、粘稠如糊状似巧克力，故又称巧克力囊肿。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，后者是前者的浮生物，炎症下去就会好的。