从目前的临床研究来看，肛裂的发病原因不是特别的清楚，只是考虑和很多因素有关，这其中最重要的就是长时间的便秘，大便干结，排便困难，造成的机械性创伤，则考虑是大部分肛裂形成的直接原因。其次，肛窦的感染，肛周的炎症，包括溃疡性直肠炎，克罗恩病，肠道的结核，这些都有可能会造成肛裂。此外，一些生活方式的不注意，比如长时间的久坐久蹲。排便时间过长，饮食过于精细化，长时间饮酒，都可能促进肛裂的形成。