大拇指指甲凹凸不平有可能是因为长时间营养摄入不良而造成的。指甲的生长状况是身体健康指标的一项重要反应。当指甲表现出异常状况，如变脆、变薄、指甲表面凹凸不平时，都有可能是因为营养不良，而造成体内缺乏维生素或矿物质等必备营养要素，就会造成甲部异常生长。甲部凹凸不平也有可能是真菌感染而造成的，因真菌感染而造成甲癣后，会造成指甲表现出凹陷的情况。这时可以在医生的指导下使用抗真菌药物，如水杨酸苯甲酸溶液等进行抗真菌治疗。