胃肠道功能紊乱的治疗主要是改善症状、提高病人的生活质量，主要的策略就是积极寻找诱发因素并且去除，强调整体化治疗和个体差异化的治疗，胃肠道功能紊乱的主要治疗药物有：解痉剂、促排便药、止泻药、促动力药以及肠道的微生态制剂等。