肛门擦不干净的原因有很多种，临床上比较多见的有以下几种：一、痔疮，痔疮是临床上比较多见的肛周疾病之一，发作范围广，痔疮的存在使得肛门周围凹凸不平，单纯进行擦，有时候凹陷地方难免就存在擦不干净的情况，这个时候建议直接考虑排便完以后进行局部的清洗。二、肛周湿疹，肛周湿疹是一种肛门周围湿疹样皮肤病，也是有异物增生，擦屁股时候会有异物感，无法擦干净，因此可以在使用药膏治疗原发病的同时，进行局部的熏洗，但是湿疹不提倡经常清洗，需要保持肛门周围的清洁干燥。临床上要根据具体情况来具体分析原因、治疗方案，不能盲目治疗。