偏头疼的病因尚不明确，可能和遗传，内分泌代谢环境以及精神因素有关。遗传因素，偏头疼具有遗传易感性，大概60%的偏头疼的病人都有家族史，如果一个人患有偏头疼，其家属表现出偏头疼的风险就是一般人的3到6倍。神经细胞兴奋性的紊乱，还有的医学家发现有一类的神经系统兴奋性相关性的基因突变和偏头疼常有多见的关系。内分泌和代谢的因素，这个因素在临床上表现非常的明显，尤其是和女性的激素水平有关，偏头痛的女性可以达到男性的3倍。