幽门螺杆菌一旦感染一般不会自愈，也就是不会自行消除的，它在胃内长时间慢性的感染定植，会造成胃黏膜的炎症，胃黏膜会从最初的慢性浅表性胃炎，也就是慢性非萎缩性胃炎，逐渐发展成萎缩性胃炎。会表现出胃黏膜上皮的肠化、异型增生，甚至有部分人会发展到胃癌。因此，幽门螺杆菌感染以后，如果不存在有抗衡的因素，应当进行根除治疗。但是在临床上，也确实见到有些人之前幽门螺杆菌检测是阳性，而在之后的某个时间细菌检测又呈阴性，这里面有几种可能：第一、检测方法本身是否准确，此外检测时，有些数值处于边界状态可能就会不太准确，会表现出每次检查结果的重复性差。第二、选择的检测方法是否合适，因为幽门螺杆菌就算被根除掉以后，血清的抗体也会持续阳性，和呼气试验的检测结果表现出不一致。第三、有些感染者由于幽门螺杆菌感染造成胃黏膜的肠化萎缩，胃内的环境发生改变，不适合细菌再继续定植的情况下，有时细菌也会自行消失，但是这时胃黏膜已经发生了萎缩肠化，成为胃癌前期病变。第四、还有一些情况是因为其他的感染性疾病，静脉或者口服使用抗生素，因此也会在不知情的情况下使幽门螺杆菌被根除掉。幽门螺杆菌一旦感染，如果不进行干预的话，正常情况下是不会自行消失的，还是要进行根除治疗。