胃息肉内镜激光切除手术有一定的风险，可能表现出消化道穿孔出血、胃肠道胀气的并发症。穿孔的几率较小，出血相对比较多见，肠道的胀气可以经过胃肠的蠕动缓解。现阶段激光切除手术不建议使用，目前正常应用的是内镜氩离子凝固术，即APC。APC是经过喷发氩离子，接触黏膜表面达到电离的效果，并发症和激光切除大致相同。