膝关节囊肿最多见于腘窝囊肿和半月板囊肿。腘窝囊肿最多见于半膜肌滑囊以及腓肠肌内侧头和半膜肌之间的滑囊，这由于滑囊的慢性炎症性扩张所造成，常和关节腔相通，也可以是由于关节腔内的疾病造成滑液渗出而产生，比如骨性关节炎，类风湿性关节炎，半月板后角损伤等。半月板囊肿主要是由于半月板的损伤以及退行性改变，造成半月板内发生粘液样退变所造成，也可以是由于半月板内滑膜细胞侵入所造成，常发生于外侧半月板。