家庭教育指导师证书是由多个机构和部门颁发的，包括但不限于以下几个方面：

1、教育部门：国家教育部下属的教育科学研究所、教育学院等机构会颁发家庭教育指导师证书，这些机构通常会对申请人进行严格的资格审核，确保其具备一定的教育背景、工作经验和专业知识。

2、专业协会：各地的专业家庭教育协会也会颁发家庭教育指导师证书，这些协会通常会对申请人进行专业的培训和考核，以确保其具备一定的专业能力和实践经验，中国儿童少年心理健康教育研究会、中国家庭教育学会等。

3、社会培训机构：一些社会培训机构也会提供家庭教育指导师培训课程，并颁发相应的证书，这些机构的认证标准和培训内容可能因机构而异，因此在选择时需要谨慎。

4、企事业单位：一些企事业单位也会开展家庭教育培训工作，并颁发家庭教育指导师证书，这些单位通常会邀请具有一定资质和经验的家庭教育专家担任讲师，为学员提供系统的培训和指导。

5、国际组织：随着全球化的发展，越来越多的国际组织也开始关注家庭教育问题，联合国儿童基金会(UNICEF)会与各国政府和社会组织开展合作，推动家庭教育的发展和普及，在某些情况下，这些国际组织也会颁发家庭教育指导师证书，以表彰那些在家庭教育领域做出突出贡献的人士。

家庭教育指导师证书的颁发机构多种多样，涉及政府部门、专业协会、社会培训机构、企事业单位以及国际组织等多个方面，在选择家庭教育指导师证书时，申请人需要根据自己的实际情况和需求，综合考虑各个方面的认证标准、培训内容和实际效果，以确保获得一份具有权威性和实用性的家庭教育指导师证书，持有家庭教育指导师证书的人员也需要不断学习和提高自己的专业能力，为推动家庭教育事业的发展做出更大的贡献。