肛瘘手术可以在麻醉下进行，可以在骶管麻醉或腰麻下行手术，也可以在全麻下行手术治疗，手术过程一般不会造成疼痛，肛瘘手术后待麻醉作用消失后，会造成疼痛，排大便时粪便刺激肛瘘手术后的创面，也会造成疼痛。如果病人饮食辛辣刺激的食物，饮食一些烟熏的、油炸的食品容易造成便秘，造成粪便排出不通畅，也会加重粪便刺激肛瘘手术后的创面，会使疼痛的症状加重，因此肛瘘手术后应该积极的给予止痛治疗，术后如果创面继发感染形成脓肿，也会造成疼痛，还应该积极的给予抗生素抗感染治疗。