对于真菌性肠炎的治疗方法方面，主要是要选择抗真菌的药物来进行治疗，抗真菌药物可以选择伊曲康唑，氟康唑等。病人如果表现出真菌性肠炎，同时还要加强营养支持，提高病人机体的抵抗力，因为机体抵抗力下降是造成真菌感染的高危因素，如果病人病情比较严重，应当要使用血浆免疫球蛋白等具有增强病人免疫力的药物，增强病人的抵抗力，可以提高治疗效果。对于真菌性肠炎的病人还要注意饮食方面的调理，饮食要清淡，防止辛辣，刺激性的食物。