药物治疗肛周脓肿有一定的副作用，副作用的大小以药物的药理特性来决定。比如，依据某种细菌培养所采取的抗生素，临床上最多见的是过敏反应、发热反应，需详细追问病人过敏史，还有一些口服或者外用中药制剂，需要依据中药药典因病施治，不可滥用。在女性病人哺乳期、怀孕期，用药物治疗肛周脓肿应更加谨慎。避免经过血液或者乳汁传输给胎儿，导致胎儿畸形以及婴幼儿不可预知的危险。同时应用药物要注意药物的半衰期和使用时间，防止过度或者过量使用。