大便时肛门疼痛原因很多，多见的有以下几种：一，如果病人长时间的便秘，排大便干结，直肠下段将水分吸干以后形成粪石，用力排便时粪石会造成肛管皮肤裂伤形成肛裂，随着肛门括约肌痉挛收缩，还会使疼痛进一步加剧。二，如果病人存在出口梗阻型的便秘，耻骨直肠肌痉挛，肥厚等，有时收缩也会造成肛门口疼痛。三，如果病人经常的饮食辛辣，刺激的食物，经常的饮酒会造成痔核淤积肿胀，痔静脉充血，大便时痔核脱出肛门有时会形成血栓，血栓性的痔疮造成肛门疼痛，有时痔疮破损，局部感染形成炎性痔疮也会造成局部疼痛。