慢性肾盂肾炎的临床表现较为复杂，全身及泌尿系统局部表现可以不典型，有时仅表现为无症状性菌尿。半数以上的患者可以有急性肾盂肾炎病史，之后表现出程度不同的低热，间歇性尿频，排尿不适，腰部酸痛及肾小管功能受损的表现，例如夜尿增多和低比重尿等等，病情持续发展，可以进展到慢性肾衰竭甚至尿毒症。急性发作时，患者的症状比较明显，类似急性肾盂肾炎。所以，慢性肾盂肾炎的诊断除了反复发作尿路感染的病史之外，还需要结合影像学及肾脏功能的检查，包括肾脏外形凹凸不平，且双肾大小不等或者肾盂造影可见肾盂肾盏变形和缩窄，同时伴随持续性肾小管功能损害。