支原体肺炎时应当选用大环内酯类抗生素进行治疗，可以选用罗红霉素、阿奇霉素、四环素等，都对支原体肺炎具有一定的覆盖作用，对治疗支原体肺炎都有特殊效果。此外，如果支原体肺炎同时合并细菌性肺炎时，还可以应用头孢菌素、青霉素等药物，都能同时合并治疗。如果支原体肺炎合并病毒感染时可以应用一定的抗病毒药，例如更昔洛韦、阿昔洛韦、利巴韦林等。如果支原体肺炎伴有高热时，可以应用一定的非甾体类抗炎药行退烧治疗，例如安痛定、安瑞克等。