治疗肛隐窝炎，以非手术治疗为主，可以应用一些中药进行调理，口服活血山芋汤，起到理气、行气、活血化瘀的作用。如果局部合并感染，还可以有效运用抗生素。根据感染细菌的不同种类，给予相应的药物，还可以应用一些中药进行肛周熏洗，还可以应用红外线微波，小功率激光进行局部照射，抑制细菌的生长，促进血液循环。如果肛隐窝炎病人已经形成脓肿，或者伴随肛乳头肥大，应该及时地行手术治疗，及时地将脓肿切除，术后给予抗炎止血等综合治疗。