阴茎根部表现出疼痛，考虑的疾病很多。首先，最多见于尿道炎。根据致病体的不同，又分为非特异性尿道炎和特异性尿道炎，前者正常指感染的病原体为肠肝菌属，如大肠杆菌。后者感染的病原体为淋球菌、支原体、衣原体、阴道毛滴虫等。造成其疼痛表现出的原因为菌群在尿道黏膜内的侵袭、繁殖、释放毒素等，此时，尿道黏膜血管会扩张充血，大量白细胞会渗出，会造成致痛物质的生成增加，如前列腺素、白介素、白三烯等，加之尿道部位由于炎症造成水肿，所以阴茎根部会表现出疼痛。其次，阴茎根部表现出疼痛，还可以见于前列腺炎、尿道结石，正常是由于前列腺炎、尿道结石体积比较大，炎症、结石刺激压迫前列腺部位的后尿道，造成尿道平滑肌痉挛，所以阴茎根部会表现出疼痛。