射精后腰疼的原因有以下几种：一、如果性生活过于频繁，并且在工作和生活当中过于劳累，就可使男性表现出肾虚，造成射精后腰痛，正常还伴随腰膝酸软、乏力等表现，病人应节制性生活次数，服用六味地黄丸等药物进行调理。二、前列腺炎疾病也会造成射精后腰痛，正常还伴随尿急、尿频、会阴部疼痛等表现。需要进行前列腺液常规检查确诊，可服用前列舒通胶囊、左氧氟沙星胶囊等药物进行治疗，在治疗期间，应防止久坐，不要长时间憋尿，防止手淫。