造成小儿腹泻的原因主要有两方面，一是感染性因素，二是非感染性因素。感染性因素包括病毒感染、细菌感染、寄生虫感染。病毒感染有轮状病毒造成的小儿秋季腹泻、诺如病毒性腹泻；细菌感染有痢疾杆菌造成的细菌性痢疾、霍乱弧菌感染造成的霍乱等。此外，肠道外的细菌感染会影响肠道功能，因此造成腹泻，例如上呼吸道感染等。非感染因素包括饮食因素和气候因素，饮食因素包括进食不规律或孩子对某些食物过敏，都会造成腹泻。此外气候过冷，会造成孩子肠蠕动加快造成腹泻；天气太热，孩子进食过多，也会表现出腹泻。