伪膜性肠炎的治疗首先应当终止所有的抗菌药物，主要是对于有脱水以及电解质失衡和酸中毒的病人应当及时静脉补充足量的液体以及钾盐，补液量应当根据失水程度确定，或者是口服葡萄糖盐水，或者是氯化钠等糖盐水，纠正电解质失衡以及代谢中的酸中毒，如果有休克的病人应当及时补充血容量，必要时输入血浆，白蛋白。如果有低血压，可以在补充血容量的基础上用一些血管活性的药物，肾上腺皮质激素可以短期少量使用来改善全身的毒性症状。若是爆发性的病例，一般内科治疗是无效的，如果其病变是集中在结肠或者有显著肠梗阻以及中毒性的巨结肠，就应当考虑结肠切除以及改造性的回肠造瘘等外科治疗方法。