肛瘘指的是肛管周围肉芽肿性管道，分为内口、外口和窦道，得肛瘘的原因有很多，中医上认为这种病是由于肛痈溃后久不收口，湿热余毒未尽或痨虫内侵，肛裂损伤日久染毒而成。西医认为肛腺感染是形成肛瘘最主要的原因，肛窦炎造成肛腺管开口充血水肿，肛腺内分泌物排出不畅，因此造成感染扩散，肛管后侧是肛腺相对集中及排大便时冲击力最大的区域，临床上肛管后侧肛腺感染最为多见。有时结核、放线菌等造成肛门直肠感染，也容易造成肛瘘的形成。如果病人行肛门镜检查时损伤肛管直肠，细菌侵入伤口造成感染，也容易造成肛瘘。