幽门螺杆菌治疗的指征包括消化性溃疡(不论是否活动和有无并发症的消化性溃疡，胃黏膜相关性淋巴组织淋巴瘤，慢性胃炎伴消化不良症状，慢性胃炎伴胃黏膜萎缩、糜烂，早期胃肿瘤已行内镜下切除或胃次全手术的切除，长时间服用质子泵抑制剂，胃癌家族史。计划长时间服用非甾体抗炎药(包括低剂量阿司匹林，不明原因的缺铁性贫血，特发性血小板减少性紫癜，其他幽门螺杆菌相关性疾病(如淋巴细胞性胃炎、增生性胃息肉。此外，证实个人有幽门螺杆菌感染都作为我们幽门螺杆菌感染的根除指征。