造成宝宝肛门疼痛的原因有很多，多见的有以下几种：一，如果宝宝遭受外力的打击或者跌落，有可能造成肛门肿胀，因此造成疼痛。二，如果宝宝腹泻造成肛腺感染，因此造成肛周脓肿，表现为肛周质硬的包块，也会造成肛门疼痛，经过肛周彩超可以明确脓肿的范围及大小。三，如果宝宝排大便干结，有时会损伤肛管皮肤形成肛裂，用力排便时粪便刺激肛门的创面会造成疼痛，随后由于肛门括约肌痉挛收缩也会造成肛门疼痛，一旦表现出肛门疼，应该及时的前往肛肠科就诊。经过视诊、查体及辅助检查明确原因，然后对症治疗。