退烧后仍然有头痛有两种可能的原因：1、血管神经性头痛。发热本身就可以诱发血管神经性头痛，头痛是血管收缩扩张功能障碍所造成的，就算是发热缓解，头痛仍有可能存在几天时间，病人可以口服布洛芬或者萘普生等非甾体类的解热镇痛药，临时缓解头痛。2、中枢神经系统感染。病人发热若是由外部的病原体感染造成，有可能累及到中枢神经系统，因为机体免疫的作用，发热有可能短时间消退，但并不能排除中枢神经系统的炎症。如果脑炎或者脑膜炎持续存在，头痛就不能缓解，病人查体时会有脑膜刺激征阳性，做腰椎穿刺术检查可以发现脑脊液压力增高，细胞数及蛋白质升高，糖和氯化物也有变化。