真菌性肠炎包括多个问题，它是机体发生真菌病的重要类型之一。消化道是真菌侵入体内的主要传染途径，对健康和生命都有较大的威胁。造成肠炎的真菌主要有念珠菌、放线菌、毛霉菌、曲菌、隐珠菌等，其中以白色念珠菌肠炎最为多见。当机体患严重肝肾疾病、粒细胞缺乏症或恶性肿瘤时造成恶液质状态，均可造成机体免疫功能降低，肠道菌群失调，真菌大量繁殖，侵袭组织而易造成肠道真菌病。真菌性肠炎还可继发于消化道某些疾病，如痢疾、肠梗阻、食管脓肿等疾病。