小肠炎首先应该用敏感的抗菌药物进行治疗，由于造成小肠炎，大部分是由革兰氏阴性杆菌所造成。所以所用的抗菌药物主要是第三代头孢菌素、氨基糖苷类抗生素、喹诺酮类抗生素，主要由盐酸左氧氟沙星、庆大霉素、头孢哌酮舒巴坦等，静脉滴注可以获得较好效果。如果腹痛症状比较明显时还可考虑应用解痉药物，口服的有山莨菪碱，静脉滴注的有654-2及间苯三酚等。如果腹泻较为明显，应该考虑给予止泻药物，如蒙脱石散等。如果腹泻明显并脱水严重的病人，还应该适当给予补液，调整水、电解质、酸碱平衡的紊乱。日常生活中应该防止进食辛辣、油腻、生冷、盐腌、熏烤等刺激性食物。注意饮食规律和卫生，防止暴饮暴食，应该少量多餐，还应该注意腹部保暖以防止小肠炎的发生。