角膜从前到后可分为上皮层，前弹力层，基质层，后弹力层和内皮层共五层。结构完整的角膜上皮细胞和泪膜，基质层胶原纤维的规则排列，角膜无血管以及脱水状态，共同维持角膜透明性。角膜上皮及后弹力层受损伤后，可以再生、不留瘢痕，但角膜前弹力层受损后不能再生，由上皮细胞或瘢痕组织填充，角膜基质层及角膜内皮层损伤后亦不能再生，由瘢痕组织修复填补，使角膜失去透明性。所以，角膜穿孔为角膜五层组织全层穿孔，小的穿孔可能由瘢痕组织修复填补，穿孔较大者可以行角膜移植手术。